玛瑙的颜色分为天然色和优化色。优化色包括高温和染色，高温可以改变玛瑙内部离子的状态，从而达到变色效果；染色则是用颜料染的。天然色中最常见的是黄色、白色和灰色，红色则相对稀有。天然红色玛瑙非常少见，而那种很鲜亮且艳丽的红色大部分都是经过优化的。天然色几乎没有绿色、粉色、紫色和蓝色。